就在牛頓對力學作深入研究時，1665年英國發生了大瘟疫，俗稱黑死病。黑死病在這之前歐洲大陸已有300年歷史，總共造成的死亡人數約2500萬人。大約是歐洲當時人口的三分之一。
這次瘟疫始自倫敦，此病實際是一種鼠疫，由跳蚤吸食了一種黑鼠的血液而使細菌傳播，受到病毒感染的黑鼠又大量繁殖，疾病就如大火繚原開來不可阻擋，當時抗生素並未發現，死亡率自然很高。於是各地相互設障，阻斷交通，各自為陣。離倫敦不遠的劍橋大學被迫停課，校園關閉，師生都被疏散到鄉間。這時剛剛取得學士學位的牛頓，返回了家鄉的農莊。
母親熱情歡迎他的歸來，同母異父的三個兄妹也十分懂事，家鄉的農莊寧靜得如同世外桃源。在這裏，牛頓有充分的時間獨自思考、實驗和推敲，這位剛剛畢業的大學生心智已經成熟，而創造力達到了一生的巔峰，做出了一系列革命性的重要發現。
在這兩年裏，牛頓創立了二項式定理，發明微積分，發明反射式望遠鏡和發現日光的七色光譜，確立了牛頓第一、牛頓第二定律和重力定律的基本思想，一舉奠定了經典物理學的基礎。
我們中學要學的很多物理定理，也都是牛頓在這期間創立的。
後來，牛頓在一份手稿裏這樣說：「這所有都是在1665與1666兩個瘟疫年份發生的事，在那些日子裏，我正處於創造的旺盛時期，我對於數學和哲學，比以前任何年代都更為用心。」
兩年後，牛頓回到了劍橋，成為了劍橋大學三一學院的研究員。
